Институт активно сотрудничает с международными организациями и ведущими научными центрами различных европейских стран (Германия, Франция, Англия, Швеция, Польша и др.), а также с государствами СНГ (Беларусь, Украина, Казахстан, Армения.).
Начиная с 1992 года, исследования велись в рамках Программ Европейского сотрудничества – ЕСР (1992–1995 гг.), INCO–COPERNICUS (1997–1999 гг.), МНТЦ (Международный научно–технический центр) (1995–2006 гг.), ФАО/МАГАТЭ (1997–2007 гг.), NATO (1998–2000 гг.), ИНТАС (2005 г.). С 2005 года ведутся совместные исследования с РГП «Национальный Ядерный Центр Республики Казахстан» (2005–2007 гг.), с Национальным исследовательским центром по защите человека и окружающей среды, Германия (2005–2007 гг.), с Польским Центральным институтом горного дела (2006 г.).
С 2006 года сотрудники института осуществляют научные исследования по следующим международным проектам и договорам:
- проект МНТЦ К-1328 «Оценка методами биоиндикации состояния природной среды на территории Семипалатинского полигона»;
- проект МНТЦ 3003 «Радиационное воздействие российских предприятий ядерно-энергетического комплекса на окружающую среду и человека. Разработка научных основ радиационной защиты окружающей среды»;
- государственный контракт № 3/10-03 «Создание процедур и механизмов эффективного взаимодействия с международными участниками в реализации долгосрочных защитных мероприятий в сельских населенных пунктах на базе внедрения системы поддержки принятия решений ReSCA, разработанной в рамках международного проекта МАГАТЭ-Беларусь-Россия-Украина RER/9/074»;
- RER/3/004. Международный проект МАГАТЭ–Беларусь–Россия-Украина RER/3/004 «Радиологическая поддержка реабилитации территорий, пострадавших после аварии на Чернобыльской атомной станции»;
- договор с Центральным институтом горного дела (Катовице, Польша) «Implementation of investigation and assessment methods of natural radionuclides impact on biota in post-mining areas, with special emphasize on genotoxicity»;
- договор с Национальным ядерным центром Республики Казахстан “Оценка дозовых нагрузок и радиоэкологических рисков для растительной компоненты луговых экосистем Семипалатинского испытательного полигона”
- договор с Институтом радиологии (РНИУППИР, г. Гомель) Белоруссии «Применение ферроцинсодержащих препаратов и кормовых добавок для получения нормативно чистой и рентабельной продукции животноводства».
Участие научных сотрудников в работе международных организаций:
- Алексахин Р.М. – эксперт НКДАР (Научного комитета ООН по действию атомной радиации) при ООН (Вена, Австрия), вице-президент Международного союза радиоэкологии (МСР) и член Исполкома МСР, член Британского общества радиоэкологов;
- Санжарова Н.И. – эксперт МАГАТЭ по проекту RER/3/004;
- Фесенко С.В. – эксперт МАГАТЭ от России.